Нова ера, Єванґеліон

Через п'ятнадцять років після катастрофи, відомої як Друге Зіткнення, над світом нависла нова загроза: жахливі небесні істоти, яких називають "янголами", один за одним вторгаються в Токіо-3. Людство не здатне захистити себе, навіть незважаючи на використання найсучаснішого озброєння та просунутої військової тактики. Єдина надія на порятунок – у руках NERV, таємничої організації, очоленої Ікарі Ґендо, котра використовує гігантських людиноподібних роботів "Єванґеліонів" для боротьби з Янголами. 

Через роки після розлуки з батьком, Ікарі Шінджі, 14-річний син Ґендо, повертається до Токіо-3. Хлопець так і не спромігся відпустити душевну травму після втрати матері. Страшенно боячись відкритися іншій людині, Шінджі назавжди змінює своє життя лише після зустрічі з Кацураґі Місато, високопоставленою офіцеркою NERV, яка стає для юнака джерелом такої жаданої материнської турботи. 

Чергова нищівна атака янголів змушує Шінджі взяти ситуацію в свої руки. Тоді ж і розкривається справжня причина його прибуття до Токіо-3: Шінджі – єдине дитя, здатне ефективно керувати роботом нового покоління "Єванґеліон-01", який синхронізується з біометричними даними керманича. Незважаючи на жорстоку психологічну травму, спричинену пілотуванням "Єванґеліона", Шінджі таки рятує Токіо-3 від янгольської загрози, навіть не здогадуючись про роль свого батька в цьому.