Канонічне завершення серіалу "Нова ера — Євангеліон". SEELE готується до втілення Проекту комплементації людства за допомогою Серійних Єв. Завадити цьому може лише підпорядкована організація NERV. Аска перебуває в післяопераційній палаті і не може пілотувати. Доля світу залежить від того, чи розбереться Шінджі в собі.